本发明公开了一种降低咖啡豆中咖啡因含量的方法，具体涉及咖啡制备领域，所述方法包括以下步骤：将生咖啡豆放入不锈钢罐中，加水搅拌溶解，得到可溶解物饱和溶液；将可溶解物饱和溶液通过活性炭过滤，滤液进行杀菌，得到咖啡芳香物质饱和溶液；另取生咖啡豆与制备好的咖啡芳香物质饱和溶液混合搅拌，过滤后的生咖啡豆用清水反复冲洗，烘干，即得低咖啡因的生咖啡豆。本发明制备的生咖啡豆在不损失咖啡香气、不影响味道及口感的基础上，使咖啡饮用者不再因为咖啡中的咖啡因成分对睡眠产生影响。且去除了咖啡因的咖啡中的其他营养成分均不丧失，既满足了咖啡中营养成分的需求，又降低了咖啡因的含量。