本发明属于货物调度技术领域，特别涉及一种多对多货物调度优化分配方法。其技术方案是：利用遗传算法解决多对多货物调度最优分配时，包括一种基于可用资源编码的多对多货物调度优化分配方法，编码时以货物类型为基因片段、可用数量为基因位点，确定染色体基因串形式；以道路可通行约束的稀疏矩阵中非零值部分为集合，记录仓库货物与市场的行列索引关系并对其按照正整数进行编码，确定基因位点取值的符号编码子集；交叉操作要在同类仓库货物之间进行；变异操作要在基因片段的可选编码子集中进行。本发明解决了多对多货物调度用遗传算法求解时，分配关系和分配数量两个维度同时进行基因编码的难题。