本发明涉及鱼类数字化养殖技术领域，具体公开了一种基于机器视觉的鱼类养殖监测方法及系统，该系统包括陆地视觉模块、通信模块、中央计算模块、处理模块、辅助模块、水下移动视觉模块，在水域附近的岸边部署该陆地视觉模块模块，使用yolov4算法，通过对水流，海浪等进行识别判断，当识别到水流海浪等目标时，将信号传至通信模块在传入至中央计算模块，水下移动视觉模块搭载至各水下机器人中，使用yolov4算法对养殖鱼类中不同鱼类的物种进行识别、区分。本发明通过水上水下视觉模块结合，构建不同鱼类的健康/异常模型，增大决策的可信度；当判定为异常时，对其进行后续处理，可解决现有技术多种鱼类使用统一模型导致的针对性差等问题。