本发明公开了一种超大容量离心机柔性驱动结构，包括驱动底座，所述驱动底座内设置有阻尼座，阻尼座内设置有轴承座，轴承座与阻尼座的上方两侧均安装有圆螺母，圆螺母上设置有压盖螺母，轴承座内安装有上轴承和下轴承，轴承座内安装有主轴，主轴贯穿上轴承与下轴承的内圈，上轴承与下轴承之间设置有轴承顶套，且轴承顶套套设在主轴的外部，轴承座的顶部设置有护轴套，护轴套套设在主轴的外部，且护轴套与上轴承之间连接有压簧。本发明通过改进柔性主轴的处理工艺和结构以及阻尼座的设计，满足对超大容量离心机的使用需求，增加稳定性，便于维护保养，延长使用寿命。