本发明公开了一种高效低碳的渔农综合种养系统及方法，涉及农业领域。本发明包括养殖单元、资源利用与转化单元、种植单元以及富氧修复单元；所述养殖单元，所述资源利用与转化单元，所述种植单元以及所述富氧修复单元依次连接；所述富氧修复单元还与所述养殖单元连接；所述资源利用与转化单元为倒梯形，其中设置有挂笼，梯形底部设置有便携式收集装置。本发明用于解决传统渔农综合种养模式中存在的因饲料投入造成的有机废弃物沉积的问题，将有机废弃物等碳源通过多级的利用和生态位合理搭配转化成动植物产品，减少碳排放，提高生产效率和种养系统的整体资源整合效率。