本发明公开了针对模型不确定的海洋柔性立管边界振动控制方法，对柔性立管建模、得到柔性立管系统的控制方程，确定柔性立管系统的边界条件和初始条件；基于自适应模糊反演算法，建立柔性立管系统的自适应模糊反演控制律；获取柔性立管的横向振动实际偏移量；将所述实际偏移量代入所述自适应模糊反演控制律，得到实际控制输出；基于所述实际控制输出，在顶端对柔性立管进行控制。本发明用以解决现有技术中的控制方法依赖海洋柔性立管的精确数学模型所导致的控制精度较低的缺陷，实现不依赖精确模型，能够很好的补偿柔性立管系统的不确定性和外部荷载的不确定性，同时还能有效地跟踪和调节振动状况、主动抑制立管振动的目的。