本发明公开了元宇宙空间服务器的数据存储、索引、查询方法及系统，该存储方法通过空间服务器采集目标的轨迹数据，并将所述轨迹数据进行空间聚类，形成个聚类簇；将每个聚类簇对应的空间等分成份，每份成为一个细胞，每个聚类簇均有个细胞；空间服务器为每个涉及自身空间的细胞构建一块磁盘区域，将每个细胞对应的轨迹数据存储其对应的磁盘区域内。本发明利用空间聚类对目标轨迹数据进行存储，利用空间上的相近性实现了存储空间的节约，并且对下一步的索引构建提供了良好的设计基础。