本发明公开了一种室内海草养殖系统，包括框架、养殖缸、造浪泵、灯、底缸、水泵、蛋白质分离器以及冷水机，所述养殖缸设置在框架上，养殖缸内设置有将养殖缸划分成数个种植区的隔板以及鱼梳，所述鱼梳与养殖缸内壁形成溢流区，所述造浪泵安装在养殖缸内侧壁上，所述灯设置在养殖缸上方并与框架固定安装，所述底缸设置在框架底部，包括水泵格、滤材格以及蛋白质分离器格，所述水泵设置在水泵格内，所述滤材格内均匀分层的铺设有滤材，所述蛋白质分离器设置在蛋白质分离器格内，与滤材格连接通，所述冷水机设置在框架底部。本发明适合开展海草室内养殖以及室内海草实验。