本发明提供了一种基于北斗短报文的数据传输方法和系统，涉及数据传输的技术领域，包括：获取接收终端的历史载噪比信息，并基于历史载噪比信息确定出接收终端的丢包率；基于实际需求和用户信息，对待传输北斗短报文进行分包，得到第一预设数量个第一报文包；基于丢包率和第一目标编码模型，对第一预设数量个第一报文包进行编码，得到第二预设数量个第二报文包；通过北斗三号卫星将第二预设数量个第二报文包发送给接收终端，以使接收终端基于接收到的第二报文包确定出第二预设数量个第二报文包的传输过程中是否丢包，并基于判断结果将接收到的第二报文包解析为待传输北斗短报文，解决了现有的北斗短报文传输方法的传输效率和传输成功率较低的技术问题。