本发明公开了一种基于臭氧的卧式种植盘清洗消毒系统。该系统包括：a)轨道，所述轨道形成为限定路径的多层螺旋结构旋转塔；b)与所述轨道衔接的接驳台，所述接驳台用于输出承载成品牧草的种植盘；c)置于所述接驳台一侧的鼠笼式翻转机，所述鼠笼式翻转机在重力作用下收获种植盘中的成品草；d)位于所述鼠笼式翻转机下方的皮带运输机，能够接收由所述鼠笼式翻转机落下的成品牧草并运输至下一工序；e)臭氧水存储罐；f)位于所述鼠笼式翻转机头部的机械手，能够抓取底部朝上的种植盘并转动伸入所述臭氧水存储罐中。采用鼠笼翻转机下料成品草，种植盘能够较容易的进入鼠笼翻转机且在180°范围内翻转，避免了走偏和卡住种植盘的现象发生。