本发明公开了一种茎尖脱毒生产广藿香种苗的方法，据广藿香种苗的繁育和生长特性，建立茎尖培养脱毒方法；开发适合广藿香组织培养过程中用于愈伤组织诱导、增殖和无菌苗生根的培养基。此外，还建立了广藿香种苗体内病菌的分子检测方法，获得无菌种苗；经过一代脱毒苗‑二代脱毒苗‑生产种的繁殖方式，提升繁殖系数，可以周年生产广藿香健康种苗。使用本发明所述的用于愈伤组织诱导的培养基、用于增殖的培养基和用于生根的培养基能有效提高繁殖系数，降低生产成本；使用三代脱毒苗繁育模式可以缩短生产周期，种植效益大大提高；能够有效解决广藿香带毒，繁殖系数低的问题，建立的广藿香健康种苗繁育体系也为种植者提供良好的经济效益。