本发明涉及燃料电池领域，公开了一种燃料电池系统及其能量回收控制方法，根据实际空气流量和需求空气流量的大小关系确定电堆的阴极压力是否符合要求，在电堆的阴极压力不符合要求时，根据电堆的空气进口的空气流量、空气进口的进气压力和空压机转速之间的对应关系，确定与需求空气流量对应的目标进气压力和目标转速；基于空气进口的进气压力和调压阀的开度之间的对应关系，确定与目标进气压力对应的目标开度；之后调节空压机的转速至目标转速，同时调节调压阀的开度至目标开度，能够实现在调节空压机转速的同时调节调压阀的开度，实现满足电堆流量要求的同时，减小涡轮机的转速调节对电堆阴极压力的影响，稳定电堆的阴极压力。