本发明适用于数据迁移技术领域，提供了一种基于图数据库的动态数据迁移方法和系统，方法包括以下步骤：开启第二图数据库的数据服务功能；对第一图数据库中的数据进行分批次迁移，对待迁移的数据进行复制得到复制数据，将复制数据迁移至第二图数据库中；每批次数据迁移完成后，检验对应的原始数据是否被更改；当对应的原始数据未被更改，直接删除原始数据；当对应的原始数据被更改，对更改后的原始数据进行复制得到二次复制数据，将更改后的原始数据标记为二次原始数据，将二次复制数据迁移至第二图数据库中替换对应的复制数据。本发明在进行数据迁移时，都会进行数据复制，保证了数据在迁移过程中，用户能够对数据进行访问。