本发明公开了一种基于双层有向图的多微网优化协调运行控制方法，该方法首先建立多微网优化协调运行控制架构，将多微网系统与双层有向图建立对应关系；然后利用双层有向图表示各代理之间的通信网络；最后根据双层有向图表示的通信网络分别设计分布式控制策略：下层控制利用一致性算法通过信息迭代修正下垂控制参数，实现分布式电源输出电压、频率的二次控制以及功率均分；上层控制用以调节网间功率互济，使多微网系统在不同情况下的运行更加合理。本发明不仅综合考虑各子微网的电压、频率稳定以及网间功率交互问题，还通过对多微网运行工况的划分，满足了各子微网运行的独立性和个性化需求。