本发明涉及医学图像处理技术领域，具体涉及一种基于医学图像处理的脑缺血辅助分析方法及系统。该方法为：将脑部CT图像分别输入图像分类网络和脑部区域检测网络，得到第一置信度和第一中轴线；按照预设步长对第一中轴线进行遍历，遍历的初始对称线划分出对比区域，计算每组对比区域的余弦相似度，调整终点位置得到优化终点进而得到第二中轴线；根据第二中轴线重新划分多组对称区域，对每组对称区域对称赋值输入网络得到第二置信度；根据第一置信度和第二置信度构成样本序列输入深度神经网络，输出对称区域是否存在病变区域的分类结果。有效的实现脑缺血情况的检测和定位，提高了脑缺血病变辅助分析的定位精度和评估准确率。