本发明属于海洋药物开发技术领域，本发明提供了褐藻胶低聚糖在制备预防和/或治疗炎症所致肠黏膜O‑糖链结构异常疾病产品中的应用。本发明采用饮水添加DSS造模的肠炎肠黏膜损伤小鼠模型，证明了褐藻胶低聚糖能显著改善肠炎肠黏膜损伤小鼠的肠黏膜杯状细胞减少，也证明了褐藻胶低聚糖能显著改善肠炎肠黏膜损伤小鼠肠黏膜O‑糖链组成比例失调、短链O‑糖链含量升高和长链O‑糖链含量降低。本发明产品的原料来源于海洋褐藻多糖，具有资源丰富、制备工艺简单、产品稳定性好，易于产业化，安全性高等诸多优点，在防治肠炎所致肠黏膜O‑糖链结构异常相关疾病的新药和特医食品的开发领域具有广阔的开发应用前景。