本实用新型涉及农用机械技术领域，具体为一种两种输入传动的微耕机变速箱总成，包括主变速箱及与主变速箱联接的旋耕箱，主变速箱包括变速箱体、传动一轴、传动二轴、传动三轴、传动四轴、传动五轴及传动六轴，传动一轴上设置有传动伞齿轮，传动三轴两端伸出到变速箱体外侧。本实用新型的微耕机变速箱总成通过传动一轴上的传动伞齿轮可与直联式内离合器传动配合，通过传动三轴可与皮带传动式外离合器传动配合，因此本实用新型的微耕机变速箱总成既能适配皮带传动式外离合器，也能适配直联式内离合器，这两种离合器都可以作为输入传动，从而满足不同用户的需求。