本发明公开了一种基于ARQ信息的基站TCP代理确认方法及其系统。其方法包括上、下行数据接收和发送处理过程。系统包括采用无线链路连接的基站和移动站，基站包括基站启动控制模块、发送分析模块、基站分割重组模块、代理确认模块和接收分析模块；移动站包括移动站启动控制模块、移动站分割重组模块和过滤模块。本发明提高了TCP发送窗口的移动速度，大大降低由于数据链路层ARQ增加传输时延造成TCP超时的概率，通过对移动站上行确认报文段的过滤可以大大降低反向无线链路上的TCP连接的ACK报文段产生的数据负载。本发明极大地提高反向无线链路的利用率，适应无线IP网络中的业务非对称特性，留出上行数据带宽以支持各种实时业务。