本发明公开了一种利用酵母表达、生产及糖基化改造人干扰素－β的方法。本发明应用重组DNA技术在甲醇酵母细胞如巴斯德毕赤酵母细胞中生产基因重组人干扰素β并进行糖基化改造的方法，获得既具有真核生物的蛋白翻译后修饰和加工，又不具有抗原性的干扰素β蛋白。本发明还涉及适合甲醇酵母表达的人干扰素β改构基因的设计；表达载体的构建；基因组中至少稳定地整合有一个拷贝改构干扰素β基因的甲醇酵母工程菌；工程菌的基因表达；糖基化改造等方面。本发明方法可实现干扰素β高效表达及糖链改造，且分离工艺简便。所产生的干扰素β不具有酵母蛋白的N－糖基化，若作为蛋白药物不会在人体内产生免疫源性；也不会因为过糖基化使表达蛋白失去活性。