本发明公开了一种从1，3－丙二醇发酵液中分离提取1，3－丙二醇的方法。该方法包括如下步骤：调节发酵液的pH值≤5.5，并经加热，静置沉降后，取上清液；然后对清液加热浓缩脱水，分离除去析出的盐，最后经减压蒸馏收集1，3－丙二醇馏分。本发明方法在pH值≤5.5下使菌体蛋白更加有效地絮凝，并综合了加热破乳的优点，强化了絮凝效果，使除菌过程变得更为简单而有效。本发明方法可使发酵液中存在的盐结晶析出，通过过滤或离心分离便可方便地除去，从而有效地解决了减压蒸馏过程出现的盐结晶和粘性物质阻碍蒸发的问题，使分离过程更加便于实施。