本发明公开了一种1,3‑丙二醇发酵液脱盐提纯方法，该方法包括：将1,3‑丙二醇发酵液依次进行过滤除菌、浓缩，获得一次浓缩液；采用色谱分离系统对获得的一次浓缩液进行特定的色谱分离脱盐，获得脱盐液；将获得的脱盐液进行浓缩，获得二次浓缩液，然后将获得的二次浓缩液进行提纯，获得1,3‑丙二醇；本发明通过特定的色谱分离脱盐工艺，不仅使得前期可将PDO发酵液经超滤过滤后直接色谱分离脱盐，减少纳滤膜过滤工序，简化了PDO提取工艺，而且PDO发酵液脱盐过程中PDO的产品收率可达98%以上，色谱分离脱盐率提高至90%以上，蒸馏釜残量显著降低，蒸馏工序PDO产品收率提高，产品质量显著提升。