本发明公开了一种从1，3－丙二醇发酵液去除菌体、水溶性蛋白及色素的方法。该方法包括：向1，3－丙二醇发酵液中加入絮凝剂，搅拌后，静置沉降，分离得到絮凝后的发酵清液；将发酵清液流过树脂柱，其中的水溶性大分子蛋白及色素物质被吸附到树脂表面，得到澄清的发酵液。本发明方法采用絮凝法与树脂吸附分离法相结合，不但能除去发酵液中的菌体，还能除去发酵液中存在的水溶性蛋白及色素物质。所使用的树脂为交联苯乙烯系非极性大孔吸附树脂，对水溶性蛋白及色素的选择性高，使1，3－丙二醇发酵液中菌体和蛋白能在同一过程中脱除，而且去除得更为有效彻底，为后续的脱盐工序及蒸馏过程创造了良好的条件。