本发明公开了一种化学合成多肽的新型大规模分离制备技术。该技术采用常压或低压离子交换色谱与纳滤相结合的分离方法分离化学合成多肽，具体方法为：粗肽溶于水时，采用超声波振荡辅助溶解，再以0.22μm微孔滤膜去除固形不溶物，得澄清粗肽溶液；利用疏水性离子交换树脂作为分离介质，高径比为5∶1～20∶1；将粗肽溶液上柱进行离子交换吸附，再洗杂、洗脱；根据被分离多肽的分子量大小，选择不同截留分子量的纳滤膜，将离子交换洗脱液进行纳滤浓缩脱盐；最后将浓缩的多肽溶液经冷冻干燥即可。本发明技术避免使用昂贵的设备和有毒的有机溶液洗脱。本发明分离介质担载量大、设备投资少，易于规模化生产，生产成本低的优点。