本实用新型公开了一种小分子多肽分离装置，属于多肽加工领域，包括包括搅拌箱，所述搅拌箱的底部连通有过滤箱，所述过滤箱的底部固定连接有底箱，所述底箱正表面的左侧固定连接有PH调节室，所述底箱正表面的右侧固定连接有冷冻干燥箱，所述底箱顶部的右侧固定连接有控制器，所述底箱的正表面固定连接有出料机构，搅拌箱包括箱体，所述箱体的顶部固定连接有保护箱，通过搅拌箱、过滤箱、底箱、PH调节室、冷冻干燥箱、控制器和出料机构的配合使用，能够有效的解决传统用于小分子多肽分离用的装置生产成本较大的问题，能够便于小型实验进行操作，有利于降低生产和使用成本，进而增加了工作人员的便利，提高了生产效率。