本实用新型公开了一种用于小分子多肽的分离装置，包括支撑板、连接杆、进料杆、分离罐、盖板、分离柱、限位机构和驱动机构，支撑板顶部固定连接连接杆底部，连接杆顶部的一侧滑动连接进料杆，进料杆竖直设置，分离罐设置于进料杆的下方，分离罐设有开口朝上的空腔，分离罐开口端面可拆卸地连接盖板，盖板设有与进料杆适配的滑孔，分离柱设置于空腔内，分离柱设有开口朝上的分离室，进料杆底部穿过滑孔且设置于分离室内，分离柱内壁设有分离膜，分离柱侧面设有分离孔，进料杆设有与分离室连通的进料孔，分离罐底部转动连接支撑板，所述限位机构用于使分离罐带动分离柱转动，解决了现有技术中存在的技术问题，如：分离室和分离膜清理更换不便。