本发明公开了一种提高化杀杂交小麦繁制种效益的方法，该方法以斯卑尔脱小麦为母本，多子房小麦为父本，从中选择带有多子房基因的个体及其自交后代，获得具有多子房性状的斯卑尔脱小麦。然后，以具有多子房性状斯卑尔脱小麦为母本，与任意小麦品种或现有小麦强优势组合进行杂交、连续回交，以选留性状与轮回亲本相似，且具有斯卑尔脱小麦细胞质的多子房性状品种(系)。最后以化杀途径组配或筛选小麦超强优势杂交组合，或再现原有的强优势组合，在母本繁殖、杂交种生产制种中表现多子房性状，明显提高繁殖系数、降低繁制种成本；杂交种提供生产应用表现为单子房性状，既不影响小麦优质品质，又可保障获得高而稳定的产量。