本发明公开了一种提高三系杂交小麦繁制种效益的方法，先以粘、易、偏型小麦雄性不育系的保持系为母本，多子房小麦为父本，将携有多子房性状基因通过杂交和随后以保持系为轮回亲本的置换回交导入到保持系细胞核中，创制出同类型的多子房保持系。再以这种具有多子房性状保持系为父本，与粘、易、偏型小麦雄性不育系进行杂交、连续回交置换，最终选育出具有粘、易、偏型不育细胞质的对应多子房不育系。采用这种粘、易、偏型多子房不育系组配与筛选强优势杂交组合，或再现原有的强优势组合，可在母本繁殖、杂交种生产制种中表现多子房性状，明显提高不育系繁殖系数和制种效益。杂交种在生产应用中表现为单子房性状，既不影响小麦品质，又可保障高产。