本发明涉及一种小麦杂交种制种方法；该方法取代传统父母本按不同比例分别行播的播种方式，采用父母本混播方式进行小麦杂交制种，其中，父本植株比母本植株高10cm以上；父本在混播中比例占5－40％；该方法适于以小麦光温敏雄性不育系和小麦核质互作型雄性不育系为母本的小麦杂交种生产，要求父本开花期不早于母本开花期，以同步开花或略晚为宜，最晚不超过4天。在开花期结束至成熟期之间，去除制种田父本穗。本发明操作简便，可降低生产成本、提高小麦制种效率；克服了由于在杂交小麦制种的以往播种方式中存在的播种与收获之间的矛盾而导致的生产成本高、操作复杂、收获时间长的缺点。