本发明涉及光温敏二系杂交小麦盖膜制种方法，特别涉及光温敏二系杂交小麦盖膜制种方法。其包括以下步骤：1)选择光温敏二系杂交小麦制种的不育系和恢复系及制种基地；2)盖膜，对不育系和恢复系进行盖膜；和3)揭膜，在不育系倒四叶露尖～倒二叶露尖，穗分化进程到小花分化～雌雄蕊分化期，进行揭膜。本发明的方法使不能制种的二系杂交小麦组合，能够达到杂交小麦的制种纯度而用于生产。对于那些因不育系育性不稳定，制种存在风险的组合，通过该方法，可以降低风险，并且通过该方法能够大大提高二系杂交小麦制种纯度和制种产量。