本发明公开了激光共焦扫描结合图像拼接的生物芯片成像方法及其装置。整个生物芯片区域分成多个子区域，每个子区域的一维扫描由振镜与平场物镜组成的光学扫描实现，另一维由电机与导轨组成的机械扫描实现，荧光信号由光电探测器转换为电信号，经计算机采集并重建当前子区域的荧光图像。完成第一个子区域扫描成像后，生物芯片沿光学扫描方向平移一段距离，使下一子区域进入光学扫描范围，实现该子区域的扫描成像，依此类推，在完成最后一个子区域的扫描成像后，计算机对每个子区域的荧光图像拼接，合成完整的生物芯片荧光图像。本发明以分区扫描、图像拼接的方法克服了光学扫描装置中平场物镜焦距长、数值孔径小的缺点，提高了光学分辨率和荧光探测灵敏度。