本发明提供一种硬盘保护系统，该系统包括：一检查模块，用于检查连接到一计算机的硬盘是否被锁，检查该计算机输入输出系统只读存储器中是否存在随机密码及检查该硬盘中的密码是否与输入输出系统只读存储器中的随机密码或用户密码一致；一读取模块，用于读取储存在输入输出系统只读存储器中的随机密码及用户密码，以及读取硬盘中的密码；一命令模块，用于向该硬盘发出解密命令；及一写入模块，用于向输入输出系统只读存储器及硬盘写入随机密码，并以该随机密码取代合法硬盘中的用户密码。本发明还提供一种硬盘保护方法。相较于现有技术，所述的硬盘保护系统及方法可对每台计算机的硬盘设置随机密码，作独立性的安全保护。