本发明硬盘自动打标签系统包括用于输送载有硬盘的托盘的传送机构、用于扫描硬盘识别条形码的扫描器、用于打印标签的打印机、用于取放标签的标签取放机构及主机，该扫描器、打印机及标签取放机构均与主机连接，使扫描器扫描到硬盘的识别条形码后，主机控制打印机将该条形码所对应的硬盘基本信息打印在标签上并输出标签，标签取放机构吸取输出的标签并将该标签放在该硬盘上。本发明可以将打印好的标签自动放在硬盘上，提高了生产效率，减少了人力，降低了成本，而且也减轻了操作员的劳动强度。