一种嵌入式系统处理数据的方法，包括：提供一控制器、一易失性存储器以及一非易失性存储器；对该系统的配置数据增加标签并进行分组，将多个标签设为一组，标示一组标签，并储存于该非易失性存储器中；接收系统设定数据；搜寻该非易失性存储器中的所有配置数据的组标签；判断系统设定数据与该搜寻到的系统配置数据的组标签是否一致；若二者一致，则将该搜寻到的配置数据加载该易失性存储器；以及通过该控制器读取该易失性存储器中的配置数据，完成自身的初始化，进而开始工作。上述嵌入式系统处理数据的方法，利用搜寻组标签的方式导入系统配置数据，有效的减少了系统配置所需之时间以及系统正常工作时对易失性存储器空间的占用。