本发明涉及医学图像配准技术领域，提出了一种基于互信息并结合像素邻域空间信息的配准方法，对受噪声污染严重的图像有很好的效果。该方法假定图像像素灰度信息和空间信息构成的二维向量呈正态分布，将像素的邻域平均值作为空间信息。在计算互信息表达式中的概率密度时，根据多维变量正态分布的性质，构造出两幅待配准图像的对应向量矩阵。然后只需要计算该矩阵的均值和协方差即可直接计算出两幅图像的边缘熵和联合熵，从而得到它们的互信息。实验结果证明，该方法对于噪声较大的图像有很好的效果，计算速度快，节省内存空间，可以广泛地用于医学图像配准领域中，有重要的临床应用价值和研究意义。