一种酯酯交换反应制备甘油二酰酯的方法，属于食用油的制备领域。解决了现有技术中制备甘油二酰酯反应操作复杂或脂肪酶利用率低或反应时间过长，不适宜工业化生产等的问题，提供一种工艺过程简单，脂肪酶利用率高，反应速度快，反应条件温和，温度低，生物酶寿命长的制备方法。该方法为：甘油三酰酯与甘油一酰酯的以摩尔比为1∶1－15的比例混合，添加反应物总质量的2％－30％的生物酶量；在反应温度为30℃－90℃的条件，在脂肪酶催化下，于间歇反应器或连续反应器中进行酯酯交换反应，反应完全后，通过分子蒸馏去除反应产物中剩余的甘油一酰酯与甘油三酰酯，即得到甘油二酰酯。