本发明提供一种TEC热电制冷器控制电路，包括一温度采集器、一参数设置器、一频率比较器、一频率生成器、一开关驱动器、一电荷泵和一电流换向器，所述温度采集器用于将TEC的温度信号转化成频率信号输出；参数设置器，用于设置TEC工作模式、温控点数据和极限点数据并输出；频率比较器输出一电流换向器的换向控制信号和温度误差信号；频率生成器由温度误差信号和具有工作模式和极限点数据的输出信号生成不同频率的开关信号；开关驱动器用于增强开关信号的频率驱动能力驱动电荷泵；电荷泵为电流换向器提供不同的输入电压V₀；电流换向器作用于TEC。该TEC热电制冷器控制电路采用数字式控制，具有运行模式选择功能的，具有温控精度高。