本发明揭示了一种多电池电量自动学习的系统及其方法，应用在可装载多颗充电电池的充放电装置上，该系统具有：一侦测模块，用以确认若干个电池槽放置若干个充电电池，及侦测各该充电电池的内部电性基本资料；一设定模块，用以接收一使用者针对各该充电电池的内部电性基本资料，所设定的若干个门槛值；一充放电模块，用以对各该充电电池进行一充放电动作；及一控制模块，用以根据各该充电电池所设定的门槛值，控制该充放电模块进行该充放电动作的激活与中止。该系统通过程序之控制，让操作人员不必一直在装载多颗充电电池的充放电装置旁守候，即可进行多颗电池的充放电测试，达到自动化之效果。