本发明公开了一种基因分型芯片及其制备方法与应用。其目的是提供一种基因分型芯片及其制备方法与其在对基因多态性位点进行基因型检测中的应用。该芯片包括一套来自待测样品的核酸片段及另一套来自多个参考样品的核酸片段；所述核酸片段均是在完全相同的条件下，分别扩增待测样品与参考样品中含有多态性位点的基因片段得到的；核酸片段固定于芯片表面，且每个参考样品都含有一个已知基因型的多态性位点。本发明将在未知样品的基因多态性位点的基因分型中发挥重要作用。