在本发明的一个方面，提供了末端标记RNA(总RNA，mRNA，tRNA或片段化的RNA)的方法。在本发明的一个方面，T4RNA连接酶用于将3’－标记的AMP或CMP供体连接于RNA受体分子。在另一实施方案中，焦磷酸分子3′－AppN－3′－接头－可检测部分被用作供体分子。在本发明的另一个方面，提供了检测样品中目的RNA的存在的方法，方法具有下列步骤：提供含有可能或可能不具有所述目的RNA的RNA的样品；用片段化试剂处理样品来提供RNA片段；由所述片段除去磷酸基来提供具有游离3′OH基团的片段；连接具有本发明标记试剂的所述片段；提供具有针对所述目的RNA的探针的核酸阵列；将标记的核酸片段杂交于所述核酸阵列；以及测定所述探针的杂交程度来测定所述目的RNA的存在。