本发明属于肢残人康复医疗器械技术领域，其特征在于该方法依次含有以下步骤：预先定义功能性刺激器的N种刺激配置方案，同时定义N类不同的思维活动，以及它们之间的对应关系；受试者进行N类不同思维活动中的一种，由计算机分析出当前的思维活动类别码；由定义好的对应关系得出对应的功能性电刺激器的功能选择码，及对应配置方案中的一组刺激参数；将这组刺激参数分别送入通用的功能性电刺激器的相应的参数设置端，实施相应刺激以实现相应肢体的运动功能，如抬手、迈脚等。与传统功能性电刺激的控制方法相比，本发明可以帮助患者用自己的自主意识来控制功能性电刺激，从而恢复部分运动功能，而不需要其他人帮助。