一种安全电子护照系统是在普通护照的封皮里安装一块带发射天线的微型芯片，用于存放电子护照持照人的个人信息，在护照制作部门和通关部门的计算机里分别设置加密和解密系统，用加密系统中的对称和非对称算法，将持照人个人信息和照片及指纹等数据加密成密文，存放在电子护照的微型芯卡中，其中：对称密钥达到一照一密各不相同，通关时电子护照的天线向通关部门的读芯片机发送微型芯片中的密文数据，读芯片机将收到的密文数据传输到计算机里，通过计算机中的解密系统将密文数据解密，再通过电子护照识别系统来判定电子护照的真伪，同时，现场采集持照人的指纹，再进行个人信息、照片和指纹的验证，从而，达到电子护照识别及数据防护的目的。