本发明属于毛细管电泳技术领域，其所述毛细管电泳芯片的特征在于：该芯片至少有两个样品池及相应的样品通道，一个进样缓冲液池和一个样品废液池之间有进样管道相连，该进样管道与所述各样品通道连通，一个分离缓冲液池和一个分离废液池之间有分离管道相连，所述分离管道和进样管道之间用交叉方式连通。所述毛细管电泳芯片的电压控制方法，其特征在于：进样时，向样品池施加电压使样品经样品管道和一部分进样管道进入样品废液池；回样时，向样品施加电压，使样品分别进入样品池和样品废液池，余下部分流入分离管道和进样管道交叉处；分离时，使分离管道中的样品在电压作用下进入分离废液池。本发明与传统的毛细管电泳芯片相比有更高的通量。