一种硬盘驱动装置的时钟信号写入方法及装置。方法是：写入时钟信号道前，先初始化通道和前置放大器，控制器稳定马达的转速，把时钟头送入硬盘驱动装置打下时钟头，由控制器控制时钟头进行时钟写入；写完之后，由通道读回数据，数据送到时钟和索引生成器，控制器对生成的时钟和索引信号进行闭合检测，如果满足要求，时钟输入切换到PLL开始写入伺服信号；如果控制器检测到的信号不闭合，擦除上次写入的信号，控制器控制时钟头重新进行时钟写入，再做闭合检测，反复进行写和闭合检测操作，直到写出的轨道闭合达到标准为止。本发明还公开了该方法用的写入装置。本发明很好的解决了现有技术中时钟信号写入不闭合和PLL输出不稳定的问题。