本发明公开了一种基于可编程逻辑器件的电路板故障自定位装置及其自定位方法，该装置包括内嵌有检测模块的可编程逻辑器件以及通过故障定位接口与其相连的调试机。电路板系统上电运行后，配置所述可编程逻辑器件及其内嵌检测模块，包括对触发条件的配置；在触发信号满足触发条件时，检测模块将检测到的电路板信号采样后通过故障定位接口送给调试机；调试机进行信号分析或者人工判断，对电路板系统故障进行定位。本发明取得了故障现场实时定位的进步，达到了灵活方便检测故障的效果，节省了故障定位的时间成本和人力成本，提高了故障定位的效率。