本发明涉及一种具有指纹感测能力的内存储存装置及其数据保护方法，包含主机接口、控制器、指纹传感器、储存装置接口及储存单元，使控制器与外部终端主机交握沟通，将适合的驱动程序及应用程序由加载至外部终端主机，外部终端主机接收来自使用者的指令，通知控制器控制指纹传感器读取待辨识指纹影像数据，将此待辨识指纹影像数据作指纹特征萃取及加密后，汇入至控制器由控制器进行比对，判断是否吻合，依据比对结果判断是否能够存取该储存单元中的特定区块；以使用者的指纹特征数据取代密码，以内存储存装置中的控制器进行使用者指纹数据与板指纹数据之比对，达到安全性高的数据保护方法，同时降低了成本。