提供一种用于在衬底处理循环的过程中在半导体处理工具内交换传送盒的方法、系统和装置。承载需要处理的衬底的染污的传送盒被设置在处理工具内，并且衬底被转移到其处理室内。至少一个清洁的传送盒也被设置在处理工具内。当衬底处理完成时，被处理衬底在处理工具内从处理室被直接转移到清洁的传送盒内。其中，多个衬底在处理室内被处理，多个清洁的传送盒可被设置在工具内，由此，多个衬底在处理工具内被转移到单个清洁的传送盒中，或被分割到被转移到不同的清洁的传送盒中的子组中。然后，承载被处理衬底的清洁的传送盒被转移到其它工具用于后续半导体制造处理。