本发明公开了一种琼脂糖凝胶膜基片及其制备方法与应用。本发明所提供的琼脂糖凝胶膜基片，是在基片表面形成琼脂糖凝胶膜，其中，所述琼脂糖凝胶膜被分隔成不少于两个的独立区域。本发明利用琼脂糖凝胶的良好成膜性和生物相容性，并将基片采用隔断方法将基片分隔为多个独立区域，由于分隔物的存在，使不同区域内的不同生物样品之间不会产生交叉污染。用含有多个独立分隔点样区域的琼脂糖凝胶片制备芯片时，可以实现多项指标样品和多份相同、不同生物样品的同时检测，大大提高了芯片检测效率。