本实用新型提供一种质子设备水冷却系统精密过滤器，其结构是由精密过滤器、前阀门、后阀门、滤前压力表、滤后压力表、旁通阀门、检测阀、外排阀组成，前阀门和滤前压力表设置在精密过滤器的左端，后阀门和滤后压力表设置在精密过滤器的右端，与精密过滤器并排设置有旁通管道，旁通管的两端分别与前阀门的左端和后阀门的右端连接，在旁通管的中间设置旁通阀，在旁通阀的左侧设置有检测阀，右侧设置有外排阀。本实用新型设置有旁通阀，即使精密过滤器损坏或堵塞也可正常工作，与现有技术相比结构简单、设计合理、使用方便，因而，具有很好的推广使用价值。