本实用新型公开了一种单分子操纵横向磁镊装置，包括：显微成像装置、磁镊装置、样品槽和中央监控器，磁镊装置包括磁镊和磁镊控制器，磁镊水平设置在样品槽的侧面，并由磁镊控制器控制；样品槽为一透明的密闭容器，两端有供溶液进出的开口，生物单分子的一端连接在该透明容器内远离磁镊的侧壁上，另一端连接一顺磁性磁球，该磁球通过磁镊控制；显微成像装置设置在样品槽的上部或下部，显微成像装置与样品槽可在水平方向做相对平移；显微成像装置将获取的图像信息传输给中央监控器进行数据处理。本实用新型的有益效果是：可对生物单分子进行研究分析，包括生物分子相关的酶及蛋白等，并可直接给出单分子的长度信息，并可对生物单分子进行旋转操作。