本发明提供了用于bDNA单重和多重核酸杂交分析的一组高度正交的六密码子通用序列。所述六密码子通用序列不会交叉杂交，因此可将第二代和第三代bDNA分析中所固有的3体交叉杂交最小化或将其消除。该高度正交的通用序列可用于单重或多重bDNA分析，以定性和定量地测定样本中的mRNA水平；筛选少量存在于样本中的靶标例如病毒，并对其进行基因分型；筛选SNP并对其进行基因分型；以及，测量例如在基因扩增或缺失时样本中基因的量的改变。该高度正交的通用序列还可用作通用捕获探针，通过有助于对其进行进一步分析的方式选择性结合分析组分。